عنوان مقاله : روش­هاي تشخيص مولکولی بیومارکرهای سرطانی-cold PCR
تاریخ: 1396/08/08

امروزه روش­های متعددی برای تشخيص بیومارکرهای سرطانی کشف و کاربردی شده است. با پیشرفت­ روش­ها و دستگاه­های تلفیقی مبتنی بر پروفایلینگ ژنی و پروتئینی، تعداد بیومارکرهای مورد اعتماد نیز افزایش یافته است. در جدول زیر برخی از این روش­های پرکاربرد را که تا به امروز برای کشف بیومارکرهای سرطانی استفاده می­شود، آورده شده است.

دسته ­بندی انواع روش­های تشخیصی بیومارکرهای مولکولی سرطانی

تکنیک­های ژنومیکی

سنجش و تشخیص ژنتیکی حساسیت سلول­های سرطانی

پیدا کردن tag مناسب برای بررسی میزان بیان ژن­های سرطانی

آنالیز ژنتیکی در سطح مولکولی

پلی­مورفیسم طول قطعات حاصل از برش آنزیم­های محدودالاثر (RFLP)

فقدان هتروژنیسیتی (LOH)

غربالگری موتاسیون­های غیرموتاسیونی

روش­های مبتنی بر توالی

پلی مورفیسم ساختار تک­رشته (SSCP)

واکنش زنجیره­ای پلیمراز (PCR)

ترانس کریپتاز معکوس (RT)-PCR

Real-time PCR

COLD-PCR

پروفایلینگ بیان ژن

میکروآرایه cDNA جهت آنالیز بیان ژن

ژن آسپارژینیل هیدرولاز انسانی (HAAH)

آنالیز سری بیان ژن (SAGE)

سیتوژنتیک سرطان

سنجش مقایسه­ای هیبریدیزاسیون ژنومی (aCGH)

کاریوتایپ دیجیتالی

فلورسنت در مکان­های هیبریداسیون (FISH)

تشخیص سلول­های تومور در مایعات بدن

تشخیص سلول­های توموری در گردش خون

تشخیص سلو­های تومور در ادرار

تشخیص سلول­ها توموری در مایع مغزی نخاعی

سنجش براساس میزان پروتئین­ها و آنزیم­ها

سکانسینگ P53 و سنجش عملکرد آن

اندازه­گیری فعالیت تلومراز

سنجش میزان پیش­ آگهی براساس سورواوردین (مهارکنندi پروتئین آپوپتوز)

استفاده از فن ­آوری پروتئومیک جهت کشف بیومارکرهای سرطانی

میکروآرایه آنتی­ بادی

تکنولوژی مبتنی بر آپتامر برای بررسی سطح پروتئین در سلول­های سرطانی

تشخیص نکلئوتیدهای در حال گردش سرمی

سیستم سنجش eTag برای بررسی بیومارکرهای سرطانی

ژل الکتروفورز

لیزر جذب microdissection (LCM)

تغییرات اسپکتروسکوپی جرمی (MS): SELDI-TOF MS، الکتروسکوپ پردازش یونی

تکنیک نمایش فاژی

آنالیز پروتئومیکسی میتوکندریایی سلول­های سرطانی

تکنولوژی چیپ­ های پروتئینی


در ادامه به بررسی تکنیک Cold-PCR می پردازیم:

Cold-PCR

Cold-PCR هم ­افزایی (در کمترین دمای دناتوراسیون PCR) نوع جديدي از PCR مي­باشد كه بیشترین میزان انتخابگری آلل­ها را از میان انواع وحشی از سکانس­های جهش­دار شناسایی می­کند. این روش بدون توجه به نوع جهش و نیز موقعيت آن در توالي قادر به تشخیص جهش می­باشد.

Cold-PCR که بیشتر کاربرد بالینی داشته به دو صورت Cold-PCR کامل و Cold-PCR سریع انجام می­گیرد؛ و بسته به نوع دمایی Tm و نیز سایر شرایط قابل انجام است.

از جمله مزایای این روش می­توان به موارد زیر اشاره کرد:

  • یک روش تک­ مرحله ­ای است که می­ تواند آلل ­های اقلیت را حتی در صورتی که ناشناخته باشند، صرف نظر از نوع جهش و موقعیت آن شناسایی نماید.
  • استفاده از این روش هیچ هزینه اضافی در برنخواهد داشت چرا که از هیچ ماده جدید یا ابزار اضافی استفاده نمی ­شود.
  • بهتر از PCR معمولی برای تشخیص جهش ­ها در یک نمونه مخلوط عمل می ­کند.
  • از نظر زمان اجرای آزمایش تفاوتی با PCR معمولی ندارد.

براي حذف­ ميكروتوالی ­ها که مرتبط با کارهای بالینی است، Cold-PCR موجب افزایش اختصاصیت و جداسازي جهش ­ها مي­شود و نمونه­ هاي سرطاني كه قبلاً حاوي DNA نرمال بوده ­اند را با چندين جهش غني مي­سازند. ميزان غني ­سازي بين 3 تا100 برابر متغییر است. این روش کارایی بالایی در غني ­سازي جهش ­ها در ژن­هاي سرطانی، كه توالي­يابي DNA این ژن­ها در غلظت­ هاي بسيار كم امكان پذير نيست، را دارد. Cold-PCR در حوضه­ هاي تشخيص و پيگيري بیومارکرها، ناپایداری ژنومیکی، بيماري­هاي عفوني، آزمايش­های متيلاسيون DNA و تشخيص قبل از زايمان برای آلل­ هاي جنین در خون مادر كاربردهاي متعددي دارد.

برگرفته از کتاب مروری جامع بر بیومارکرهای سرطانی